Изследователите откриват почти 2000 нови чревни бактерии
Според многобройни скорошни проучвания бактериалните популации на човешките черва са способни да влияят на различни аспекти на нашето физическо и психическо здраве. Въпреки това, много бактерии остават „неопределени“ от учените. Сега ново проучване разкри около 2000 неизвестни досега чревни бактерии.
Последни проучвания, обхванати от Медицински новини днес са показали, че чревната микробиота може да има роля при болестта на Паркинсон и деменцията и могат да обяснят защо лекарствата за диабет тип 2 действат добре на някои, но не и на други.
Ново изследване - появява се вчера в списанието Природата - сега е идентифицирал почти 2000 нови чревни бактериални вида, които учените никога не са култивирали в лаборатория.
Екипът от изследователи, от Европейския институт по биоинформатика (EMBL-EBI) и Wellcome Sanger Institute, и двамата в Hinxton, Обединеното кралство, използва изчислителен анализ за оценка на проби от чревни микробиоми от участници от цял свят.
„Изчислителните методи ни позволяват да разберем бактериите, които все още не можем да култивираме в лабораторията“, обяснява авторът на изследването Роб Фин от EMBL-EMI.
„Използването на метагеномика [анализ на генетичен материал] за възстановяване на бактериални геноми е малко като възстановяване на стотици пъзели след смесване на всички парчета заедно, без да се знае как трябва да изглежда окончателното изображение и след пълно премахване на няколко парчета от смесете само за да стане малко по-трудно “, продължава той.
Фин обаче отбелязва по-нататък: „Изследователите вече са на етап, в който могат да използват набор от изчислителни инструменти, за да допълнят и понякога направляват лабораторната работа, за да разкрият нови прозрения в човешките черва.“
Нов подход
Екипът успя да реконструира 92 143 генома от проби от 11 850 различни чревни микробиоти.
Това позволи на изследователите да идентифицират 1952 вида чревни бактерии, за които те и други не са знаели до този момент.
Фин и колеги обясняват, че много бактериални видове са „поддържали нисък профил“, така да се каже, защото учените са ги открили само в много малък брой в червата, или не могат да оцелеят извън чревната среда.
Това, отбелязват те, досега не позволява на учените да добавят такива видове в списъка си с чревни бактерии, за които знаят. Това е и причината, поради която екипът, провел настоящото проучване, реши да поеме по нов път - и използва комбинация от изчислителни методи, за да се опита да излезе с по-изчерпателна „карта“ на човешката микробиота.
„Изчислителните методи ни позволяват да добием представа за многото бактериални видове, които живеят в човешките черва, как са се развили и какви роли могат да играят в тяхната микробна общност“, казва съавторът на изследването Александър Алмейда.
Към създаването на „солиден план“
„В това проучване,“ обяснява Алмейда, „използвахме най-изчерпателните публични бази данни за стомашно-чревни бактерии, за да идентифицираме бактериални видове, които не са били виждани преди. Използваните от нас методи за анализ са силно възпроизводими и могат да бъдат приложени към по-големи, по-разнообразни набори от данни в бъдеще, което позволява по-нататъшно откриване. "
В бъдеще изследователите се надяват, че това и подобни изследвания допълнително ще помогнат за разбирането им на човешките черва, което от своя страна ще допринесе за разработването на по-добро лечение на различни състояния.
„Изследвания като това ни помагат да създадем така наречения план на човешките черва, който в бъдеще би могъл да ни помогне да разберем по-добре човешкото здраве и болести и дори би могъл да насочи диагностиката и лечението на стомашно-чревни заболявания.“
Съавтор на изследването Тревър Лоули от Института „Уелкъм Сангър“
В същото време екипът отбелязва, че настоящото проучване е направило изследователите по-наясно с голяма разлика в изследванията около чревните бактерии.
Понастоящем учените знаят сравнително малко за бактериалните видове, които са характерни за популации, различни от обитаващите Европа и Северна Америка, подчертават изследователите.
„Виждаме как много от същите бактериални видове се появяват в данните от европейските и северноамериканските популации. Въпреки това, малкото набори от данни от Южна Америка и Африка, до които имахме достъп за това проучване, разкриха значително разнообразие, което не присъства в предишните популации “, отбелязва Фин.
„Това предполага, че събирането на данни от по-слабо представените популации е от съществено значение, ако искаме да постигнем наистина изчерпателна картина на състава на човешките черва“, добавя той, призовавайки изследователите да продължават да се фокусират върху по-разнообразни кохорти занапред.
